پیروی از یک رژیم غذایی کم فنیل آلانین می‌تواند از ناتوانی ذهنی و سایر عوارض در افراد مبتلا به فنیل کتونوری جلوگیری کند. این رژیم غذایی بر غذاهای کم پروتئین تمرکز دارد و از غذاهای پر پروتئین اجتناب می‌کند.